Sejak awal Madiun merupakan sebuah wilayah di bawah kekuasaan Kesultanan Mataram. Dalam perjalanan sejarah Mataram, Madiun memang sangat strategis mengingat wilayahnya terletak di tengah-tengah perbatasan dengan Kerajaan Kadiri (Daha). Oleh karena itu pada masa pemerintahan Mataram banyak pemberontak-pemberontak kerajaan Mataram yang membangun basis kekuatan di Madiun. Seperti munculnya tokoh Retno Dumilah.
Beberapa peninggalan Kadipaten Madiun salah satunya dapat dilihat di Kelurahan Kuncen, dimana terdapat makam Ki Ageng Panembahan Ronggo Jumeno, Patih Wonosari selain makam para Bupati Madiun, Masjid Tertua di Madiun yaitu Masjid Nur Hidayatullah, artefak-artefak disekeliling masjid, serta sendang (tempat pemandian) keramat.
Sejak masa Hindia-Belanda, Madiun adalah suatu gemeente yang berpemerintahan sendiri (swapraja) karena komunitas Belanda yang bekerja di berbagai perkebunan dan industri tidak ingin diperintah oleh Bupati (yang adalah orang Jawa). Sebagai suatu kota swapraja, Madiun didirikan 20 Juni 1918, dengan dipimpin pertama kali oleh asisten residen Madiun. Baru sejak 1927 dipimpin oleh seorang walikota. Berikut adalah walikota Madiun sejak 1927
- Mr. K. A. Schotman
- J.H. Boerstra
- Mr. L. van Dijk
- Mr. Ali Sastro Amidjojo
- Dr. Mr. R. M. Soebroto
- Mr. R. Soesanto Tirtoprodjo
- Soedibjo
- R. Poerbo Sisworo
- Soepardi
- R. Mochamad
- R. M. Soediono
- R. Singgih
- R. Moentoro
- R. Moestadjab
- R. Roeslan Wongsokoesoemo
- R. Soepardi
- Soemadi
- Joebagjo
- R. Roekito, B.A.
- Drs. Imam Soenardji
- Achmad Dawaki, B.A.
- Drs. Marsoedi
- Drs. Masdra M. Jasin
- Drs. Bambang Pamoedjo
- Drs. H. Achmad Ali
- H.Kokok Raya, S.H., M.Hum
- Drs. H. Bambang Irianto, SH.MM
Pada tahun 1948, terjadi pemberontakan yang dilakukan oleh PKI di Madiun yang dipimpin oleh Musso di daerah Dungus, Wungu, Kabupaten Madiun yang sekarang di kenal dengan nama Monumen Kresek.